Virtual PC è molto intuitivo però consente di creare solo macchine virtuali locali (e non accessibili anche da remoto come VMware) e inoltre non supporta molte distribuzioni di Linux: ho provato ad avviare Ubuntu, Kubuntu e Mandriva ed effetivamente li carica però con colori totalmente sballati rendendo il tutto illegibile.
VMware invece supporta perfettamente moltissime, se non tutte, distribuzioni di Linux, consente di emulare OS a 64bit (non possibile con Virtual PC), consente di creare macchine virtuali accessibili anche da remoto tramite l'apposito viewer, consente l'emulazione di molteplici periferiche come l'USB ed è molto personalizzabile (ad esempio è possibile inserire più drive virtuali, inserire più di una scheda di rete e altre cose di questo tipo).